Ernst Felix Hoppe-Seyler Inmmanuel vino al mundo el 26 de diciembre de 1825 en Freyburg, Unstrut, una región de la actual Sajonia en Alemania. Su infancia estuvo marcada por la pérdida de sus padres, quedando huérfano. Sin embargo, su camino formativo fue guiado por la mano solidaria de su cuñado, quien lo apoyó en su crecimiento y educación. Como un gesto de gratitud hacia su cuñado, adoptó el nombre “Hoppe-Seyler”.
Después de dedicarse a la formación médica en Halle y Leipzig, finalmente culminó sus estudios en Berlín en el año 1851, obteniendo su título de médico.